2 марта 1971 года на основании постановления Совета Министров СССР приказом МВД СССР в Новосибирске было создано военное училище МВД со сроком обучения 3 года. Военный городок училища был построен на Ключ-Камышенском плато — незастроенном пустыре на границе Октябрьского и Первомайского районов города. Первый набор проведён уже в сентябре 1972 года, сформировано два батальона курсантов. 15 октября 1972 года генерал-лейтенант А. Г. Сидоров от имени Президиума Верховного Совета СССР вручил училищу Боевое Знамя.

В мае 1973 года училище преобразовано в высшее военное командное с 4 летним сроком обучения.

В июле 1976 года состоялся первый выпуск офицеров.

В 2008 году институту присвоено имя генерала армии И. К. Яковлева.

За 35 лет военный институт подготовил более 8,5 тысяч офицеров для внутренних войск с высшим образованием. Награждено орденами и медалями 187 человек, из которых: орденами — 44 человека и 143 медалями. При этом 64 человека награждены орденами и медалями за участие в действиях по оказанию содействия органам внутренних дел в охране общественного порядка, обеспечении общественной безопасности и правового режима, чрезвычайного положения в республиках Средней Азии, Северного Кавказа и Закавказья.

За высокие результаты, достигнутые в служебно-боевой деятельности, боевой и политической подготовке, укреплении воинской дисциплины и тыловом обеспечении, училище трижды (1986, 1987 и 1991 года) награждалось переходящим Красным Знаменем Министерства внутренних дел СССР.

На основании приказа МВД СССР от 27 августа 1980 года №0630, создано специальное отделение для подготовки слушателей из числа граждан Демократической Республики Афганистан, количеством курсантов 30 человек, срок обучения-4 года. Приказом МВД СССР от 24 августа 1982 года №0445 в связи с очередным набором слушателей введено дополнительно 2 учебных взвода общей численностью 30 слушателей. Специальное отделение реорганизовано в специальный факультет. Подготовка курсантов из Демократической Республики Афганистан производилась до 1987 года.

С 1992 года в связи с проведением реформ в России училище стало именоваться как Новосибирское высшее военное командное училище внутренних войск МВД России, а с июля этого же года, на основании приказа МВД России — переведено на пятилетний срок обучения, с присвоением квалификации «офицер мотострелковых войск с высшим военно-специальным образованием, юрист».

В 2011 году на основании Приказа Главнокомандующего Внутренними войсками МВД РФ введен факультет (разведывательный).

На основании распоряжения Правительства России от 25 января 1999 года № 153 и приказа МВД России № 132 от 22 февраля 1999 года Новосибирское высшее военное командное училище внутренних войск МВД России, после успешно проведенного самообследования, переименовано в Новосибирский военный институт внутренних войск МВД России.